北海监测中心根据工作需要，结合改革科学整合资源，调整机构，现设办公室、总工办、行政监督技术室、监督与质量管理科、综合保障科、污染监测室、环境生态室、海洋调查室、海域技术室、遥感与信技术室和海洋经济与战略研究室十一个科室。坚持人才发展战略，提高核心竞争力。北海监测中心拥有一支专业学科齐全、技术力量雄厚、年龄结构合理的科技队伍，现有在职职工187人，其中正高级专业技术人员14人，副高级专业技术人员28人，博士13人，硕士31人。人员专业涉及化学、生物、地质、水文气象、物理海洋、遥感、计算机、测绘等多种学科。为强化内部管理，建立和完善制度管理体系，全面推行办公自动化（OA）和实验室管理系统(LIMS)，提升了管理现代化和信息化水平。中心在9个专业领域和28个专业方向设置了首席专家和责任专家，分别承担组织开展和完成海洋环境监测、海洋规划、海域使用论证、海洋环境影响评价、海洋污损事件评估等领域的工作，提高了工作效率，为开展新形势下繁重、复杂的海洋工作，提供了重要支持及保障。

     北海监测中心在海洋生态环境监测与评价技术、海洋生态灾害预测预警技术、海洋溢油鉴别与生态损害评估等领域具备较高的技术能力。近年来主持、参与国家"863"课题、国家科技攻关课题、"973"海洋公益性项目等重点课题40余项，公开发表学术论文150篇，出版学术专著11部，获海洋创新成果一等奖2项、二等奖2项。